“消失”并非一夜之间
玛雅文明常被描述成突然消失的谜团，但考古记录呈现的过程要复杂得多。大约在公元八至十世纪，古典期玛雅南部低地的多个城市逐渐衰落，部分大型建筑不再维护，铭文记载也明显减少。人口并未从整个玛雅地区消失：北部尤卡坦半岛等地仍有城市延续或发展，玛雅社群及其语言、文化至今仍然存在。
因此，研究者所说的“古典期崩溃”，主要指特定地区的城市政治体系发生变化，而不是一个民族突然灭绝。不同城市衰落的时间并不完全一致，这种差异本身就是理解谜团的重要线索。
铭文记录了权力的变化
玛雅石碑和建筑上的铭文，记录了统治者即位、战争、结盟和仪式等信息。随着部分南部低地城市进入衰退期，新建纪念碑和王室铭文减少，说明某些统治集团的政治影响力减弱。不过，铭文减少不等于人口立即离开：它也可能反映王权财政、礼仪体系或纪念方式发生变化，必须和居住遗迹等证据一同判断。
考古学家还会比较宫殿、道路、住宅和陶器等遗存。如果城市中心的公共建筑停止修缮，而周边居住活动仍有延续，就提示变化可能是渐进的：权力中心先行衰弱，居民随后迁往更适宜居住或更安全的地点。
干旱是压力，不是单一答案
气候研究为古城衰落提供了另一组线索。沉积物、洞穴矿物等记录显示，古典期末期部分时段出现持续干旱的迹象。玛雅低地缺少大型常年河流，人口密集的城市需要依靠蓄水设施储存雨季降水。降雨减少，可能使饮水、农作物生产和城市供给同时承压。
但干旱并不能单独解释所有城市为何在不同时间衰落。水库、蓄水池和管理体系能够缓冲短期缺水，影响也会因地形、人口和治理能力而不同。若把气候视为唯一原因，就难以说明区域之间的差异，也无法解释一些地方为何继续繁荣。
更可能是多种压力叠加
较审慎的解释是，多种因素相互作用：持续干旱增加粮食与饮水压力，人口增长和资源利用加重负担，战争或政治竞争又可能扰乱生产与贸易。当统治者无法维持供水、分配和公共工程，居民便可能迁离城市核心，旧有王权体系也随之瓦解。
这仍不是适用于每座城市的固定公式。遗址保存不完整，气候记录也难以精确对应某一场战争或迁徙。玛雅古城衰落之谜的价值，恰在于它提醒人们：文明的变化往往不是一个灾难瞬间造成的，而是长期压力改变了社会组织与人口选择。考古研究不断补充证据，但不同地区的具体过程仍需分别考察。